SMP Negeri 3 Saptosari, memiliki logo resmi sebagaimana diatas. Arti logo SMP 3 Saptosari (Gatori) adalah sebagai alat untuk menunjukan identitas. Sedangkan artinya sebagai berikut:
Bingkai Segi lima berarti makna bahwa SMP Negeri 3 Saptosari menjadikan pancasila sebagai pedoman dalam kegiatan dan proses pendidikan. Nilai-nilai Pancasila dikembangkan dalam civitas pembelajaran. Bingkai ini ada di luar dan di dalam sehingga seorang pendidik, maupun peserta didik harus selalu menghidupnan nilai-nilai pancasila dalam diri pribadi masing-masing. selain itu segi lima menyerupai tameng dengan maksud agar dengan penanaman nilai-nilai pancasila menjadikan warga Gatori sebagai masyarakat yang mampu membendung paham-paham anti pancasila.
Buku dan Pena bermakna bahwa proses pembelajaran yang diutamakan adalah keilmuan yang hakiki dan menjadi bekal bermanfaat bagi anak didik.
Lautan dan Gunung melambangkan kondisi SMP 3 Saptosari berada di daerah perbukitan yang berada di daerah pesisir pantai, selain itu bermakna bahwa warga SMP 3 Saptosari harus memiliki keteguhan bagai gunung dan keleluasaan baik leluasa dalam berpikir, keikhlasan dan keleluasan dalam berwawasan.
Gunungkidul adalah kabupaten dimana SMP 3 Saptosari berada hal ini melambangkan bahwa SMP 3 Saptosari tetap akan selalu mencintai daerahnya, menjunjung adat dan juga norma yang berlaku, selain itu warga sekolah tidak akan pernah malu mengakui daerahnya.
Warna Hijau melambangkan kesejukan, hal ini diharapkan warga sekolah mampu memberikan kesejukan bagi masyarakat luas.
Warna Kuning melambangkan keagungan, hal ini menunjukan bahwa keilmuan akan membentuk derajat manusia untuk menuju ke derajat yang tinggi.
Warna biru muda melambangkan ketenangan, kepercayaan. hal ini menunjukan bahwa insan terpelajar memiliki jiwa yang tenang, bijaksana sehingga mampu menunjukan kuatnya keyakinan atau kepercayaan bagi dirinya di tengah masyarakat.
Warna Hitam melambangkan ketegasan dan kekuatan. warna ini menunjukan bahwa warga SMP 3 Saptosari harus memiliki ketegasan dalam bertindak dan mengambil sikap, sehingga warga Gatori maupun alumninya harus mampu memiliki sifat yang tegas dan kuat dalam mempertahankan kebaikan.
Demikian beberapa makna dari Logo SMP 3 Saptosari ini semoga bermanfaat.
